医院前身始建于1938年9月20日，称巩哈诊所，当时仅有职工3人，所长孙震，经过“三区”革命后，人员增加到8人。1945年改名为尼勒克县卫生院，从1954起业务、医疗设施等都有了较快的发展。1955年改名为尼勒克县人民医院。2003年3月，县人民政府常务会研究决定，将尼勒克镇卫生院合并于我院，为我院的第二门诊部，同时保留镇生卫生院的牌子，一套人马两块牌子。
县医院前身位于尼勒克县解放路31号，占地面积25亩，建筑面积为6265平方米。2006年决定无偿划拨110亩地实施全疆首家综合医院整体搬迁工程，工程分为医疗服务区、后勤保障区，职工生活区三部分；2008年11月经过整体搬迁至尼勒克县城镇健康路52号（目前定位），全面投入使用，总投资约2800万元，其中:国债项目资金300万元，县财政投入1200万元，医院自筹1000万元。
2003年我院与江苏无锡市锡山医院结为友好医院，建立了良好的技术合作关系。后期由江苏武进卫健系统对口援疆，支援尼勒克县人民医院。
