新疆维吾尔自治区儿童医院前身为新疆交通医院，始建于1984年。自成立之初至今，历经新疆交通医院（1984年至2005年）、自治区人民医院北院（2006年至2017年）、自治区儿童医院（2018年至今）三个阶段。2016年，自治区党委、政府决定：依托自治区人民医院，在自治区人民医院北院基础上建设“新疆维吾尔自治区儿童医院”。经过几年的转型发展，自治区儿童医院已成功转型为一所集医、教、研、预防保健等为一体的三级综合儿童医院。
自治区儿童医院位于乌鲁木齐市阿勒泰路393号，距离机场10公里，毗邻乌鲁木齐站，交通便利。占地面积2.66万㎡，建筑面积5.84万㎡。
医院设有13个行政职能科室；19个临床科室（其中外系科室13个、内系科室6个），9个医技科室，1个儿研所。医院共有在职职工790人，其中医生210人，护士361人，医技44人。正高级职称40人，副高级职称75人，中级职称185人，博士及硕士83人。
目前，医院开放床位539张。2020年，诊疗17.37万人次，出院患者1.17万人次，手术3737例。2020年业务收入3.95亿元，医院总资产7.51亿元，固定资产净值4.44亿元。
医院拥有GE1.5T核磁共振、西门子 64排螺旋CT、GE16排螺旋CT、GE彩色多普勒诊断仪、日立生化分析仪、莱卡手术显微镜、费森尤斯床旁血液滤过机、奥林巴斯高清电子胃肠镜、史赛克电子腹腔镜等高端医疗设备，为高效、便捷、准确的诊断和治疗提供了强有力的保障。
